Causes médicales de décès

L'application qui permet aux agents des ARS d’évaluer et d’orienter leurs actions en facilitant l’accès et l’interprétation des données de mortalité.

Démarrage de l'application

Pour initialiser les variables d'environnement ELK

cp .env.example .env

Pour démarrer la suite ELK localement :

docker compose up -d

Au premier run ELK, lancez cette suite de commande

cd webapp-next
mkdir -p certs/ca
docker cp elasticsearch:/usr/share/elasticsearch/config/certs/ca/ca.crt ./certs/ca/ca.crt

Pour initialiser les variables d'environnement NextJS

cd webapp-next
cp .env.example .env

Au premier run ELK, lancez cette commande pour initialiser le mot de passe du user "kibana_system" (remplacer {ELASTIC_PASSWORD} et {KIBANA_PASSWORD} par les mots de passe de votre environnement) :

docker exec elasticsearch curl -s -X POST --cacert config/certs/ca/ca.crt -u "elastic:{ELASTIC_PASSWORD}" -H "Content-Type: application/json" https://elasticsearch:9200/_security/user/kibana_system/_password -d "{\"password\":\"{KIBANA_PASSWORD}\"}"

Pour démarrer le frontend NextJS localement :

cd webapp-next
yarn
yarn dev

Vous pouvez accéder à la suite ELK via l'URL http://localhost:5601/. Les identifiants de connexion par défaut sont les suivants, à moins qu'ils n'aient été modifiés dans le fichier .env :

Identifiant: elastic
Mot de passe: elastic_password

Ces mêmes identifiants sont valables pour se connecter à l'application. Si vous souhaitez créer un nouvel utilisateur, veuillez suivre la procédure décrite ci-après.

Création d'un utilisateur CM2D

Dans le menu principal d'Elastic, sélectionnez "Management" en bas. Dans le sous-menu de "Management", choisissez "Users" qui se trouve sous la section "Security". Astuce : vous pouvez accéder directement à cette section en saisissant "users" dans la barre de recherche.

Pour filtrer et voir uniquement les utilisateurs de l'application, il suffit de décocher l'option "Show reserved users".

Pour créer un nouvel utilisateur, cliquez sur "Create user".

Dans le formulaire de création, utilisez l'adresse email à la fois pour le champ "username" et pour le champ "email". Dans "Full name", indiquez le nom et le prénom de l'utilisateur.

Définissez un mot de passe approprié dans le champ correspondant. Pour le champ "roles", attribuez le rôle "viewer". Si vous souhaitez créer un administrateur elastic, sélectionnez le rôle "superuser".

Il est maintenant possible de se connecter en utilisant l'adresse email et le mot de passe que vous avez définis précédemment.

Les variables d'environnement ELK

Nom de la variable	Description
ELASTIC_PASSWORD	Le mot de passe à utiliser pour se connecter à Elasticsearch.
KIBANA_PASSWORD	Le mot de passe à utiliser pour se connecter à Kibana.
CLUSTER_NAME	Le nom du cluster ELK

Les variables d'environnement NextJS

Nom de la variable	Description
ELASTIC_HOST	L'URL du serveur Elasticsearch, ici configuré pour une instance locale.
ELASTIC_PASSWORD	Le mot de passe à utiliser pour se connecter à Elasticsearch.
NODEMAILER_HOST	Le host domain pour se connecter au SMTP.
NODEMAILER_PORT	Le port pour se connecter au SMTP.
NODEMAILER_USER	Identifiant pour l'authentification au SMTP.
NODEMAILER_PASSWORD	Mot de passe pour l'authentification au SMTP.
NODEMAILER_FROM	L'adresse e-mail utilisée pour envoyer les e-mails.
NODEMAILER_BASEURL	L'URL courante de l'application pour construire les liens envoyés par email.

Initialisation de l'environnement ELK

Indexation des certificats et des utilisateurs (auto avec docker)

docker run --net=host --rm -ti -e NODE_TLS_REJECT_UNAUTHORIZED=0 -v ./default-indexes:/tmp --entrypoint multielasticdump elasticdump/elasticsearch-dump \
  --direction=load \
  --input=./tmp \
  --output="https://elastic:${ELASTIC_PASSWORD}@localhost:9200" \
  --tlsAuth

Indexation des certificats (manuelle)

Création de l'index principal destiné à rassembler les informations relatives aux certificats.

Rendez-vous dans "Management" > "Dev Tools" et lancez la requête suivante :

PUT /cm2d_certificate
{
  "mappings": {
    "_meta": {
      "created_by": "cm2d-admin"
    },
    "properties": {
      "@timestamp": {
        "type": "date"
      },
      "age": {
        "type": "long"
      },
      "categories_level_1": {
        "type": "keyword"
      },
      "categories_associate": {
        "type": "keyword"
      },
      "nnc": {
        "type": "keyword"
      },
      "date": {
        "type": "date",
        "format": "iso8601"
      },
      "death_location": {
        "type": "keyword"
      },
      "department": {
        "type": "long"
      },
      "home_location": {
        "type": "keyword"
      },
      "kind": {
        "type": "keyword"
      },
      "sex": {
        "type": "keyword"
      }
    }
  }
}'

Index pour les attributs supplémentaires des utilisateurs (manuelle)

Pour stocker des informations supplémentaires concernant les utilisateurs CM2D, nous devons créer un index dédié.

Rendez-vous dans "Management" > "Dev Tools" et lancez la requête suivante :

PUT /cm2d_users
{
  "mappings": {
    "properties": {
      "username": { "type": "text" },
      "versionCGU": { "type": "text" }
    }
  }
}

Mise en place des transformations

En utilisant l'interface ELK, naviguez jusqu'à Stack Management > Transform, et installez les indices de transformation suivants :

1. Compilation des causes

Transform à partir de l'index : cm2d_certificate

Type de transform : Pivot

Group by : categories_level_1 Aggregation : @timestamp.value_count

Transform ID : cm2d_level_1_categories Transform description : Available causes Destination Index : cm2d_level_1_categories