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NUCC Computación Distribuida para la Ayuda en la Investigación del COVID-19

Repositorio original creado por Phoenix Traduccion por theJuan

Ultima Actualización: Marzo 30, 2020

Únete al National Upcycled Computing Collective (NUCC) en un esfuerzo colaborativo para combinar nuestros recursos computacionales para ayudar en la investigación del COVID-19. Este proyecto se basa en la configuracion predeterminada de Docker creado por BOINC. La diferencia es que no hay que registrar ninguna cuenta y no comparte información personal. Solamente es utilizada para conectarse automáticamente al proyecto en curso de NUCC en Rosseta@home, que es un equipo de investigación el cual esta activamente procesando cargas especificas de el COVID-19.

La forma mas rapida y facil de contribuir si ya tienes BOINC instalado nativamente:

  • Windows:
    • C:\PROGRA~1\BOINC\boinccmd.exe --project_attach http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec
  • MacOS:
    • (/Applications/BOINCManager.app/Contents/Resources/boinc -redirectio "/Library/Application Support/BOINC Data/" --daemon --attach_project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec &) >/dev/null 2>&1 && open /Applications/BOINCManager.app
  • Linux:
    • boinccmd --project_attach http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec

NOTA: Si no tienes todo configurado exactamente bien, depronto tendrás que pasar la clave en gui_rpc_passwd.cfg en la linea de comando para boinccmd.

Ejemplo: boinccmd --passwd <yourpassword> --project_attach http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec

La forma mas rapida y facil de contribuir si ya tienes Docker instalado es la siguiente:

Copiar y pegar la siguiente linea en tu terminal para comenzar inmediatamente en MacOS o Linux:

docker run -d --restart always --name boinc -p 31416 -v "${HOME}/.boinc:/var/lib/boinc" -e BOINC_GUI_RPC_PASSWORD="123" -e BOINC_CMD_LINE_OPTIONS="--allow_remote_gui_rpc --attach_project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec" boinc/client:baseimage-alpine

Contenido

Instalación Nativa de Windows:

Descarga el archivo zip del repositorio, descomprimirlo, y ejecuta quickstart.bat --native --attach desde la Consola CMD en modo Administrador.

Otra alternativa es si tienes git instalado, en tu Consola CMD (Administrador) ejecuta los siguientes comandos:

git clone https://github.com/theJuan1112/nucc.git
cd nucc
quickstart.bat --native --attach

Esto instalara el administrador de paquetes Chocolatey, que a su vez instalara BOINC.

Automáticamente lanzara el BOINC Manager, en este momento esperaras hasta que la ventana Select a Project aparezca.

Cierra la ventana, confirma, y presiona enter para continuar ejecutando el script.

Este se va a conectar automáticamente al proyecto correcto y comenzara a procesar las cargas de trabajo inmediatamente.

Instalacion de Docker en Windows:

Descarga el archivo zip del repositorio, descomprimirlo, y ejecuta quickstart.bat desde la Consola CMD en modo Administrador.

Otra alternativa es si tienes git instalado, en tu Consola CMD (Administrador) ejecuta los siguientes comandos:

git clone https://github.com/theJuan1112/nucc.git
cd nucc
quickstart.bat --docker

Esto instalara el administrador de paquetes Chocolatey, que a su vez instalara Docker Desktop.

Cuando Docker Desktop es abierto por primera vez, necesitaras cerrar sesión e iniciar sesión otra vez para que termine de comenzar.

  • Click derecho en el icono de Docker en la barra de tareas
  • Ir a Preferencias > Recursos > Compartir Archivos
  • Habilita el C Drive
  • Click en "Aplicar y Reiniciar"
  • Esperar hasta que Docker termine Completamente de reiniciar.
  • Ejecuta quickstart.bat --docker en tu consola CMD en modo Administrador, para comenzar a procesar las cargas de trabajo inmediatamente.

Cuando ejecutas por primera vez una imagen de Docker, Windows te preguntara para confirmar si Docker puede acceder a tu C: Drive.

Instalacion BSD Jail

Documentación para FreeBSD (específicamente, FreeNAS) se puede encontrar en el este blog post (INGLES)

Instalacion de Docker en Linux y MacOS

Si NO tienes Docker Instalado:

  • Debian 8+
  • Raspbian 8+
  • Ubuntu
  • Fedora 30+
  • Kali 2018+ (basado en Debian Stretch)
  • Arch
  • MacOS 10.8+
  • CentOS/RHEL/Amazon Linux
git clone http://github.com/theJuan1112/nucc.git
cd nucc
./quickstart.sh

Si el script crea un error despues de instalar Docker, ejecuta otra vez otro Shell que reconozca tu usuario como miembro del grupo docker

Si ya tienes Docker instalado:

git clone http://github.com/theJuan1112/nucc.git
cd nucc
./quickstart.sh

Consideraciones del Firewall:

Si estas usando firewalld o ufw o algo parecido, necesitaras que crear una regla para la interfaz docker0 en el puerto 31416

Alternativamente puedes deshabilitar el servicio ejecutando systemctl disable firewalld (etc.), y reiniciando el systema.

Esto es necesario para resolver DNS dentro del contenedor

Si ya instalaste y tienes un contenedor usando quickstart.sh, solo implementa las reglas del firewall y ejecuta docker restart boinc

Si desabilitas el firewall completamente, el contenedor boinc deberia funcionar immediatamente despues de reiniciar y procesara las cargas de trabajo satisfactoriamente.

Arquitecturas y Etiquetas compatibles

Puedes especializar la imagen de boinc/client con cualquiera de las siguientes etiquetas para usar una version de contenedor especializada.

Este se puede usar en el comando de Linux/MacOS al comienzo de este documento y pasarlo como la variable de entorno $IMG para quickstart.sh

x86-64

Tag Info
latest, baseimage-ubuntu Cliente BOINC basado en Ubuntu. Todas la imagenes de BOINC son basadas en x86-64
baseimage-alpine Cliente BOINC basado en Alpine, el cual es menos pesado y utilizado por defecto en quickstart.bat y quickstart.sh
amd Cliente BOINC para AMD GPU. Revisar uso abajo.
intel Cliente BOINC para Intel GPU. Soporta Broadwell (5th Generacion) CPUs y despues. Revisar uso abajo.
intel-legacy Cliente BOINC para generacion anterior de Intel GPU (Sandybridge - 2nd Gen, Ivybridge - 3rd Gen, Haswell - 4th Gen). Revisar uso abajo.
multi-gpu Cliente BOINC para Intel & Nvidia. Revisar uso abajo.
nvidia Cliente BOINC para NVIDIA (CUDA & OpenCL). Revisar uso abajo.
virtualbox Cliente BOINC para VirtualBox. Revisar uso abajo.

ARM

Tag Info
arm32v7 Cliente BOINC para ARMv7 32-bit. Revisar uso abajo.
arm64v8 Cliente BOINC para ARMv8 64-bit. Revisar uso abajo.

AMD GPU-savvy BOINC client usage

  • Instalar el ROCm Driver.
  • Reiniciar tu sistema.
  • Ejecuta el siguiente comando.
    • Linux: IMG=boinc/client:amd ./quickstart.sh
    • Windows: quickstart.bat --docker --image boinc/client:amd

Intel GPU-savvy BOINC client usage

  • Instalar el Intel GPU Driver.
  • Ejecuta el siguiente comando:
    • Linux: IMG=boinc/client:intel ./quickstart.sh
    • Windows: quickstart.bat --docker --image boinc/client:intel

Legacy Intel GPU-savvy BOINC client usage

  • Instalar el Intel GPU Driver.
  • Ejecuta el siguiente comando:
    • Linux: IMG=boinc/client:intel-legacy ./quickstart.sh
    • Windows: quickstart.bat --docker --image boinc/client:intel-legacy

Multi GPU-savvy BOINC client usage

  • Revisa que tengas instalado el NVIDIA driver.
  • Instalar el NVIDIA-Docker version 2.0 siguiendo las siguientes instrucciones aqui.
  • Ejecuta el siguiente comando:
    • Linux: IMG=boinc/client:multi-gpu ./quickstart.sh
    • Windows: quickstart.bat --docker --image boinc/client:multi-gpu

NVIDIA-savvy BOINC client usage

  • Revisa que tengas instalado el NVIDIA driver.
  • Instalar el NVIDIA-Docker version 2.0 siguiendo las siguientes instrucciones aqui.
  • Ejecuta el siguiente comando:
    • Linux: IMG=boinc/client:nvidia ./quickstart.sh
    • Windows: quickstart.bat --docker --image boinc/client:nvidia

VirtualBox-savvy BOINC client usage

  • Instalar el paquete virtualbox-dkms en el host.
  • Ejecuta el siguiente comando:
    • Linux: IMG=boinc/client:virtualbox ./quickstart.sh
    • Windows: quickstart.bat --docker --image boinc/client:virtualbox

ARMv7 32-bit savvy BOINC client usage

ARMv8 64-bit savvy BOINC client usage

Modo Docker Swarm

Puedes utilizar Docker Swarm para lanzar una gran cantidad de clientes, por ejemplo atravez de un cluster que estes usando para computacion BOINC. Primero comienza el swarm para crear una red,

docker swarm init
docker network create -d overlay --attachable boinc

Si quieres, puedes conectar otros nodos a tu swarm ejecutando el comando apropiado docker swarm join on nodos trabajadores como se indico anteriormente.

Despues lanza tus clientes:

docker service create \
  --replicas <N> \
  --name boinc \
  --network=boinc \
  -p 31416 \
  -e BOINC_GUI_RPC_PASSWORD="123" \
  -e BOINC_CMD_LINE_OPTIONS="--allow_remote_gui_rpc --attach_project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec" \
  boinc/client

Ahora tienes <N> clientes funcionando, distribuidos atravez de tu swarm. Puedes emitir comandos a todos tus clientes usando:

docker run --rm --network boinc boinc/client boinccmd_swarm --passwd 123 <args>

Nota: no tienes que especificar --host. El commando boinccmd_swarm se hace cargo de mandar un comando para cada host en tu swarm.

Docker Swarm no es compatible con el modo pid=host. Como resultado, las configuraciones del cliente relacionados con el no uso de la CPU de BOINC o exclusion de apps no tomara effecto.

Ver y administrar cargas de trabajo

Tienes varias opciones aqui:

  • Mejor Opcion: BOINCTASKS
  • Ver tareas desde el manejador nativo de BOINC

Para BSD hay tambien boinc_curses TUI application, el cual permite ver las tareas locales y varias distribuciones de Linux. Tambien hay un paquete boinctui

Para las tareas basicas te puedes referir a Comandos para BOINC

Manager nativo de BOINC (Official Installation Instructions)

Si estas usando BOINC via Docker, es un poco redundante descargar nativamente BOINC, pero lo puedes hacer si quieres ver y manejar las tareas usando la interfaz GUI.

  • lanza BOINC
  • Si el "Select a Project" sale, solo cancelalo si estas conectando a un cliente remoto o un Contenedor de Docker.
  • Archivo > Seleccionar Computador
    • Entra la direccion IP y el nombre del host de tu computador con la clave de gui_rpc_auth.cfg y haz click en "OK"

Si estas usando BOINC via Docker en tu maquina local, la direccion IP es 127.0.0.1. De otro modo, ingresa el IP de HOST que Docker esta usando (No la direccion IP del contenedor del docker0 interface). Especificando -p 31416 en el comando docker run, nosotros mapeamos el puerto de comunicacion usado por el cliente BOINC en el contenedor de Docker en la maquina host.

Boingmgr deberia de no tener ningun problema contectandose a cualquier contenedor Docker en la red a no ser que este prohibida por las reglas del firewall en el sistema operativo como CentOS o Fedora.

Comandos para BOINC y atajos

Referencias para boinccmd:

Acceder al shell desde el contenedor de Docker:

docker exec -it boinc /bin/sh

Esto te permitira estar en tu maquina y ejecutar comandos directos de boinccmd

Adjuntar a el proyecto de Rosseta@home de NUCC (Esto lo hace automaticamente el script quickstart):

Windows:

boinccmd --project_attach http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec

Linux/MacOS/BSD:

boinccmd --attach_project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec

Docker:

docker exec [container-name] boinccmd --attach_project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ 2108683_fdd846588bee255b50901b8b678d52ec

Por simplicidad, los comandos abajo son comandos locales, esto significa 1 de 3 cosas:

  • Debes ejecutarlos como estan si estas usando el cliente de BOINC en el host
  • Debes ejecutarlos como estan si ya lo ejecutaste desde el contenedor de Docker.
  • Debes poner al inicio docker exec [container-name] si estas usando en un contenedor Docker con el cliente BOINC ya instalado
    • Si BOINC fue instalado via Docker y uno de los scripts quickstart, el nombre del contenedor es boinc
    • Ejemplo: docker exec -it boinc boinccmd --get_state

Pedir no mas trabajo despues que tu tarea actual de Rosetta@home termine

boinccmd --project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ nomorework

Este es una parada "suave" y podria demorar unas 24hrs para que las cargas de trabajo terminen de procesar.

Despues, puedes sustituir nomorework con allowmorework para comenzar a pedir mas tareas otra vez.

Suspender todas las tareas para el proyecto de Rosetta@home:

boinccmd --project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ suspend

Renaudar todas las tareas de Rosetta@home:

boinccmd --project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ resume

Parar o comenzar el contenedor de BOINC Docker:

docker stop boinc y docker start boinc

Este no es recomendado, ya que tus tareas actuales seran abandonadas

Mejores Practicas serian las siguientes

docker exec boinc boinccmd --project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ suspend
docker stop boinc
docker start boinc
docker exec boinc boinccmd --project http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ resume

Actualizaciones:

  • Documentacion para monitorear remotamente y manejar cargas de trabajo proximamente.

Sobre el National Upcycled Computing Collective (NUCC)

The National Upcycled Computing Collective, Inc. es una Organizacion Sin Animo de Lucro (501(c)(3)) categorizada como un Instituto de Investigacion en las areas de Ciencias Computacionales, Tecnologia & Ingenieria(EIN 82-1177433), en California, USA, como lo determina el IRS (Internal Revenue Service). Nuestra mision es encontrar nuevos usos para la tecnologia, extendiendo así los ciclos de vida de estos con la intención de reutilizar los dispositivos electrónicos de manera responsable. Para mas informacion, visita https://www.nuccinc.org/about/.

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